ในกรณีของโรคความเหนื่อยล้าเรื้อรัง โรคไฟโบรไมอัลเจีย โรค MS โรค ALS โรคออทิสติก อัลไซเมอร์ โรคลูปัส และโรคลายม์ โปรตีนที่เรียกว่าไซโตไคน์จะผ่านเข้าสู่สมอง พวกเขาทำผ่านบริเวณที่อ่อนแอของสิ่งกีดขวางในสมอง (BBB) ในสมองทำให้เกิด “หมอกในสมอง” รบกวนการนอนหลับและเพิ่มความเจ็บปวด ซึมเศร้า และวิตกกังวล ไซโตไคน์บางชนิดสามารถทำให้สมองของทริปโตเฟนหมดไป ซึ่งจำเป็นในการผลิตเซโรโทนิน
ระดับเซโรโทนินที่ต่ำอาจส่งผลให้นอนหลับไม่สนิท ซึมเศร้า เครียดมากขึ้น มีความอยากอาหารมากขึ้น รับรู้ความเจ็บปวดมากขึ้นเนื่องจากการเพิ่มขึ้นของสาร P และ IBS (โรคลำไส้แปรปรวน) การลดลงของเซโรโทนินและการเพิ่มขึ้นของสาร P อาจส่งผลให้การผลิตโกรทฮอร์โมน (HGH) ต่ำ ซึ่งเป็นลักษณะของโรคไฟโบรไมอัลเจีย
การขาดทริปโตเฟนนี้ส่งผลเสียอย่างยิ่งในผู้ที่เป็นโรคซึมเศร้า วิตกกังวล โรค Lyme เรื้อรัง กลุ่มอาการเหนื่อยล้าเรื้อรัง และผู้ป่วยโรค Fibromyalgia ที่ต่อสู้กับระดับเซโรโทนินต่ำอยู่แล้ว
เป็นสิ่งสำคัญในการเสริมสร้าง Blood Brain Barrier (BBB) ต่อการบุกรุกของไซโตไคน์ ไซโตไคน์จะข้าม BBB ในบริเวณที่มันอ่อนแอเท่านั้น ระดับวิตามินบีต่ำ การขาดกรดไขมันจำเป็นบางชนิด และการติดเชื้อไวรัส เช่น หวัดหรือไข้หวัดใหญ่ อาจทำให้สิ่งกีดขวางของเลือดในสมองอ่อนแอลง การศึกษาที่ตีพิมพ์ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2545 ในวารสารวิทยาศาสตร์ Differentiation ได้รายงานหลักฐานใหม่ที่แสดงว่ารังสีจากโทรศัพท์มือถือยังทำให้ BBB อ่อนแอลงจากสารอันตรายอีกด้วย (โทรศัพท์ไร้สายมีความเสี่ยงเช่นเดียวกัน แต่ในระดับที่น้อยกว่า)
อาหารและผลิตภัณฑ์เสริมอาหารสามารถเสริมสร้างเกราะป้องกันของสมอง (BBB) ต่อการบุกรุกของไซโตไคน์ เนื่องจากวิตามินซีสามารถเสริมสร้างเส้นเลือดฝอยและผนังกั้นเลือดสมองประกอบด้วยเส้นเลือดฝอย จึงมีเหตุผลที่จะเชื่อว่าวิตามินซีสามารถให้การป้องกันเพิ่มเติมแก่ BBB นอกจากนี้ การศึกษาในสัตว์ทดลองยังแสดงให้เห็นว่าฟลาโวนอยด์ เช่นที่พบในบลูเบอร์รี่ บิลเบอร์รี่ และเมล็ดองุ่นสามารถป้องกันสิ่งกีดขวางของเลือดในสมองได้ ฟลาโวนอยด์เหล่านี้สามารถหาซื้อได้ในรูปแบบอาหารเสริม พวกเขายังต้านการอักเสบ ดังนั้นพวกเขาจึงปกป้องสมองโดยการลดระดับไซโตไคน์และเสริมสร้าง BBB